События происходят после последней битвы.
Чарльз Ксавьер, Джин Грэй и Скотт Саммерс чудом остались живы. Институт мутантов восстановлен, и все преподаватели и ученики начинают жить полноценной жизнью: учатся, влюбляются, дружат… Циклоп и Джин Грей наконец-то поженились. Логан подавлен, так как он любит Джину.
Но всё не так спокойно, как кажется – Братство Мутантов не дремлет, Магнето восстанавливает свои силы и вновь собирает команду для новой битвы. Элизабет Брэддок (Псайлок) предсказывает появление в скором времени Новой силы, опасной для всех. Но Магнето не внимает предсказаниям Псайлок и объявляет Ксавьеру войну. Члены обеих организаций понимают, что победитель должен быть только один.
А в это время из будущего появляются четверо незнакомцев. Они – будущие дети настоящих мутантов и все входят в состав Объединения Мутантов будущего, борющихся с Новой силой. В прошлое они прибыли при помощи дара Николь Саммерс, чтобы объединить две враждующие организации, так как только вместе они могут победить Новую силу. Если же этого не сделать, то всех ждет такое будущее, из которого прибыли Николь, Александр, Эванджелина и Эдриан. Их реальность ужасна: мутанты умирают, первой жертвой становится отец Ники – Скотт. Николь с трудом переносит опасное и сложное путешествие. Ее сила исчезает, причем неизвестно насколько.
Естественно, попытки примирить организации должны быть осторожными, так как нельзя допустить того, чтобы мутанты этого времени узнали их правду, ведь это коренным образом изменит будущее.
Гости из будущего случайно поворачивают события так, что в их времени Циклоп остается жив. Так как после его смерти у Джины и Логана рождается Эванджелина, в данный момент она на грани исчезновения. Теперь Николь придется сделать выбор между жизнью своего отца и сестры.
У Алекса другие проблемы. Тайна пришельцев раскрыта и его отец – Магнето- всеми силами пытается привлечь сына на свою сторону. А принять его сторону – значит воевать против Людей X и своей любимой.
Эдриан же влюбляется в Китти (Химеру). Понятно, что такая любовь не может стать счастливой, учитывая огромное различие в их временах. В будущем Химеры не существует – погибла в схватке с Новой силой.
Сможет ли вернуть себе силу Николь? Какой выбор она сделает? Как поступит Алекс? Что ждет Эдриана? Что станет с двумя враждующими силами?
Это зависит от вас!